在診斷上，對不同型的食管閉鎖進行鑒別具有重要意義。

　　按食管閉鎖的部位以及是否并有食管氣管瘺，先天性食管閉鎖可分為五種類型。

　　Ⅰ型86.5% Ⅱ型0.8% Ⅲ型7.7% Ⅳ型0.7% Ⅴ型4.2% 。

　　1.食管近段為盲端，遠段通入氣管后壁，形成食管氣管瘺。據(jù)Holder統(tǒng)計，此型最常見，約占86.5%。

　　2.食管近段通入氣管后壁，形成食管氣管瘺，遠端為盲端。此型少見，約占0.8%。

　　3.食管近段及遠段均為盲端，不通入氣管，無食管氣管瘺。此型占7.7%。

　　4.食管近段及遠段均分別通入氣管后壁，形成兩處氣管食管瘺。此型亦很少見，占0.7%。

　　5.食管腔通暢，無閉鎖，但食管前壁與氣管后壁相通，形成食管氣管瘺，占4.2%。

　　此外，鑒別診斷的疾病還應包括伴有或不伴有發(fā)紺的先天性心臟病;主動脈弓畸形;所有引起新生兒呼吸窘迫綜合征的病變;喉食管裂畸形;神經(jīng)性吞咽困難;胃食管反流等。