1.慢性細(xì)菌感染 多次糞便常規(guī)及培養(yǎng)有陽性發(fā)現(xiàn)，以及充分有效地抗生素系統(tǒng)性治療，癥狀改善明顯，可明確診斷。

　　2.慢性阿米巴痢疾 多次大便找阿米巴及甲硝唑試驗治療可明確診斷。

　　3.血吸蟲感染 血吸蟲疫區(qū)病人可作乙狀鏡檢查，取直腸黏膜找血吸蟲卵，或用糞便孵化法和其他方法加以鑒別。

　　4.吸收不良綜合征 有腹瀉，但大便中常有脂肪和未消化食物。

　　5.腸腫瘤 小腸的良性小腫瘤可發(fā)生腹瀉和間歇性發(fā)作的部分腸梗阻。結(jié)腸腫瘤也可以出現(xiàn)類似腸道功能性疾病的癥狀。特別是對老年人應(yīng)注意。可進(jìn)行X線鋇劑造影檢查或結(jié)腸鏡檢查以明確診斷。

　　6.潰瘍性結(jié)腸炎 有發(fā)熱、膿血便等異常表現(xiàn)。經(jīng)X線鋇劑造影或結(jié)腸鏡檢查可以鑒別。

　　7.克羅恩病 常有發(fā)熱、貧血、虛弱等全身癥狀。X線鋇劑造影或結(jié)腸鏡檢查即可鑒別。

　　8.乳糖酶缺乏 乳糖耐量試驗可以鑒別。乳糖酶缺乏有先天和后天之分。臨床表現(xiàn)為吃乳制品后有嚴(yán)重的腹瀉，大便含有大量泡沫和乳糖、乳酸。食物中去掉牛奶或奶制品，癥狀即可改善。酸牛奶經(jīng)乳酸菌將乳糖分解，可供這類病人食用。

　　9.胃腸道內(nèi)分泌腫瘤 促胃液素瘤可出現(xiàn)嚴(yán)重的腹瀉和頑固的潰瘍病，血清促胃液素水平極高，一般治療無效。血管活性腸肽瘤(Vipoma)也引起嚴(yán)重腹瀉;血清VIP水平增高。

　　10.甲狀腺疾病 甲狀腺功能亢進(jìn)可出現(xiàn)腹瀉。甲狀旁腺功能亢進(jìn)可出現(xiàn)便秘。可作甲狀腺、甲狀旁腺功能檢查以進(jìn)行鑒別。