（一）探針檢查主要探明管道行走方向、深淺和內口的位置。將球頭探針從外口插入，另一手食指戴指套伸人肛管作引導，再沿管道徐徐探人，從內口穿出。檢查時禁用暴力，以免造成假內口。
（二）灌注色素無菌紗布卷成煙卷狀，長約loan，塞人肛內，從漏管外口適當加壓灌注龍膽紫或1％亞甲藍液體適量（3—5mL）。片刻后，再按原來方位拔出紗條，觀察紗條染色的位置，即可判斷內口位置所在。
（三）X線檢查對復雜性肛漏，管道不清、內口不明者，可將碘化鈉溶液從外口加壓注入后拍片，依此了解管道的行走方向及內口的大概方位。如考慮為結核性肛瘺，宜照胸片及做其他相關檢查。