功能性便秘的發(fā)生可能與心理因素、先天性異常、炎癥刺激、濫用瀉藥及長期有意識抑制排便，或與支配肛門內外括約肌的神經功能異常有關。 病因可歸納為以下幾項：
（一）由于不良的飲食習慣，使得食物中所含機械或化學的刺激不足（如蔬菜中的纖維素）或因攝食量過少，尤其是缺少遺留大量殘渣的食物。使腸道所受刺激不足，反射性蠕動減弱造成便秘。
（二）在結腸的總蠕動后，糞塊進人直腸，從而引起排便反射。但當便意經常被忽視，排便場合和排便姿勢不適當，以及經常服用強瀉劑或洗腸等，均可造成直腸反射敏感性減弱。以致雖有糞塊進入，而不足以引起有效的神經沖動，故無排便反射產生，結果造成便秘。
（三）精神抑郁或過分激動，使條件反射發(fā)生障礙，高級中樞對副交感神經抑制加強，使分布在腸壁的胸腰支交感神經作用加強，因而產生便秘。
（四）不良的生活習慣，睡眠不足，持續(xù)高度精神緊張狀態(tài)等，亦可造成結腸的蠕動失常或痙攣性收縮，因而造成便秘。
（五）由于食物過于精細，缺乏殘渣，形不成適量的糞便。