(一)治療
由于大多數(shù)非結核性分枝桿菌對常用的抗結核藥物耐藥，所以需要根據(jù)特異性菌種鑒定及藥敏情況制訂出治療方案。總的治療原則是：
①聯(lián)用;
②足量;
③療程足(抗酸桿菌陰轉后繼續(xù)治療18～24個月);
④盡可能選用利福平(RFP)。
1.藥物治療
(1)鳥-胞內分枝桿菌復合群(MAIC)感染 MAIC對異煙肼(INH)及吡嗪酰胺(PZA)耐藥。引起淋巴結炎時可選用三聯(lián)藥物：阿奇霉素(或克拉霉素)+利福布汀(或利福噴汀)+阿米卡星，治療6個月。HIV感染患者并發(fā)MAIC引起的播散性NTM病時，可應用環(huán)丙沙星(或左氧氟沙星)+阿米卡星+利福布汀(或利福噴汀)+亞胺培南;或用阿奇霉素(或克拉霉素)+利福布汀(或利福噴汀)+氯法齊明+乙胺丁醇(EMB)，療程18～24個月。
(2)堪薩斯分枝桿菌感染：對吡嗪酰胺(PZA)耐藥，大多數(shù)對利福平(RFP)及乙胺丁醇(EMB)敏感。引起肺病時可應用異煙肼(INH)+利福平(RFP)+乙胺丁醇(EMB)治療18個月，如菌株對其耐藥可應用利福布汀(或利福噴汀)+阿米卡星+磺胺甲噁唑/甲氧芐啶(復方磺胺甲噁唑)治療18個月。在艾滋病患者合并播散性NTM病者，可選用利福布汀(或利福噴汀)+阿米卡星+磺胺甲噁唑/甲氧芐啶(復方磺胺甲噁唑)+阿奇霉素(或克拉霉素)治療18～24個月。
(3)瘰疬分枝桿菌感染：體外試驗對異煙肼(INH)、利福平(RFP)、乙胺丁醇(EMB)、吡嗪酰胺(PZA)、環(huán)丙沙星、阿米卡星均耐藥。引起淋巴結炎，可應用紅霉素(或阿奇霉素，或克拉霉素)+利福布汀(或利福噴汀)+氯法齊明治療，療程6個月。
(4)海分枝桿菌感染：皮膚軟組織感染可選用多西環(huán)素+磺胺甲噁唑/甲氧芐啶(復方磺胺甲噁唑)治療;或利福平(RFP)+乙胺丁醇(EMB)治療，總療程至少3個月。最近研究表明克拉霉素或阿奇霉素單藥治療也可能有效。同時結合外科清創(chuàng)治療。
(5)潰瘍分枝桿菌感染：該菌體外試驗對利福平(RFP)、鏈霉素(SM)、氯法齊明敏感。引起皮膚軟組織感染可選用利福平(RFP)+AMK或乙胺丁醇(EMB)+磺胺甲噁唑/甲氧芐啶(復方磺胺甲噁唑)治療，療程4～6周。結合手術清除。
(6)偶發(fā)分枝桿菌感染：體外試驗對多西環(huán)素、米諾環(huán)素、頭孢西汀、亞胺培南、鏈霉素(SM)、磺胺甲噁唑/甲氧芐啶(復方磺胺甲噁唑)、環(huán)丙沙星、氧氟沙星、阿奇霉素、克拉霉素均敏感。對皮膚軟組織感染以外科清除感染部位為主，同時應用阿米卡星+頭孢西丁+丙磺舒治療1個月。新大環(huán)內酯類阿奇霉素、克拉霉素也可選用。
(7)龜分枝桿菌感染：該菌對阿米卡星、克拉霉素、阿奇霉素敏感，但對頭孢西丁、氟喹諾酮類耐藥。在外科清除皮下膿腫同時應用阿米卡星(或妥布霉素)+阿奇霉素(或克拉霉素)治療，必要時可加用亞胺培南，療程一般6個月。
(8)膿腫分枝桿菌感染：對利福平(RFP)具有很高的耐藥性，近來研究表明可能由于該菌細胞壁結構不均勻，膜通透性低下有關。可選用紅霉素(或阿奇霉素，或克拉霉素)+環(huán)丙沙星治療，療程至少6個月。
2.手術治療 NTM淋巴結炎時，應盡可能作整個淋巴結腫塊切除，如已形成竇道及皮膚病變時，應將皮膚病變區(qū)一并切除。NTM皮膚軟組織感染時，在進行藥物治療同時對皮膚病變組織進行廣泛手術切除。NTM肺病應用藥物治療效果欠佳，大量排菌1年以上，肺部空洞等病變局限者，也可手術切除。
(二)預后
堪薩斯分枝桿菌及瘰疬分枝桿菌。其臨床特點是病程長而有起伏，可累及各系統(tǒng)器官，對抗結核藥物耐藥，預后差，病死率高。