主要根據(jù)病史及內(nèi)窺鏡檢查，見腸粘膜有不同程度的色素沉著，以及內(nèi)窺鏡下活檢病變粘膜行病理檢查，見粘膜固有層內(nèi)有大量密集或散在分布的、胞漿內(nèi)含有色素顆粒的巨噬細(xì)胞，即可確定診斷。
大體觀：粘膜有不同程度的色素沉著，輕者類似豹皮，重者呈黑褐色，血管紋理不清楚。色素沉著可發(fā)生在大腸的某一段或全結(jié)腸?；孛ぐ暌陨系男∧c粘膜及肛管齒狀線以下的皮膚無(wú)色素沉著。光鏡下可見粘膜固有層內(nèi)有大量密集或散在分布的巨噬細(xì)胞，細(xì)胞體積增大，嚴(yán)重者胞漿內(nèi)充滿色素顆粒，細(xì)胞核被遮蓋不易看見。色素顆粒在巨噬細(xì)胞外亦可見，此種現(xiàn)象多見于腸粘膜呈Ⅲ度色素沉著者。部分患者巨噬細(xì)胞內(nèi)的色素顆粒呈散在分布，此種現(xiàn)象多見于大腸粘膜呈Ⅰ度表現(xiàn)的結(jié)直腸黑變病患者。嚴(yán)重的結(jié)直腸黑變病患者，在腸系膜淋巴中也可看到含有素顆粒的巨噬細(xì)胞及色素顆粒。這些色素顆粒行黑色素染色(Fontana銀染色)陽(yáng)性，鐵反應(yīng)陰性。電鏡觀察：粘膜固有層內(nèi)可見巨噬細(xì)胞數(shù)量及體積均顯著增加。胞質(zhì)內(nèi)含大量脂褐素，屬于次級(jí)溶酶一類。在其周圍的結(jié)締組織中也有大量脂褐素沉積，可能系巨噬細(xì)胞崩解所致。在腸壁神經(jīng)叢的無(wú)髓神經(jīng)纖維附近也可見到含有脂褐素顆粒的巨噬細(xì)胞處斷或彌散的色素顆粒。

1.本病應(yīng)與脂肪瀉患者的“棕色腸道綜合征”鑒別。脂肪瀉患者是腸道平滑肌細(xì)胞核周圍的色素沉著，呈棕褐色，腸粘膜固有層內(nèi)無(wú)色素沉著。
2.結(jié)直腸黑變病患者還應(yīng)與制血性結(jié)腸炎及腸粘膜下片狀出血鑒別，后兩種病變多較局限，并且病變粘膜呈紫紅色。