潛伏期因臨床類型而異，胃腸炎型者短至數(shù)小時(shí)，而類傷寒型或敗血癥型可長(zhǎng)達(dá)1～2周。
（一）胃腸炎型?是最常見的臨床類型，約占75％，多由鼠傷寒、豬霍亂及腸炎沙門氏菌引起。多數(shù)起病急驟，畏寒發(fā)熱，體溫一般38～39℃，伴有惡心、嘔吐，腹痛，腹瀉，大便每日3～5次至數(shù)十次不等，大便常為水樣，量多，很少或沒有糞質(zhì)，可有少量粘液，有惡臭、偶可呈粘液膿血便。本型病程一般2～4天，偶有長(zhǎng)達(dá)1～2周。
（二）類傷寒型?多由豬霍亂及鼠傷寒沙門氏菌所引起。潛伏期平均3～10天，臨床癥狀與傷寒相似，但病情和經(jīng)過均較傷寒為輕。熱型呈弛張熱或稽留熱，亦可有相對(duì)緩脈，但皮疹少見，腹瀉較多，由于腸道病變較輕，形成潰瘍較少，故很少發(fā)生腸出血和腸穿孔。
（三）敗血癥型?常見的致病菌為豬霍亂或鼠傷寒沙門氏菌。多見于嬰幼兒、兒童及兼有慢性疾病的成人。起病多急驟，有畏寒、發(fā)熱、出汗及輕重不等的胃腸道癥狀。
（四）局部化膿感染型?多見于C組沙門氏菌感染。一般多見于發(fā)熱階段或熱退后出現(xiàn)一處或幾處局部化膿病灶。

胃腸炎型沙門氏菌感染應(yīng)與急性細(xì)菌性痢疾、急性出血壞死性小腸炎、葡萄球菌性食物中毒、變形桿菌食物中毒、嗜鹽桿菌食物中毒等相鑒別；類傷寒型、敗血癥型應(yīng)與傷寒、副傷寒和其它細(xì)菌引起的敗血癥相鑒別；沙門氏菌引起的局部化膿感染型與其它細(xì)菌所致者，臨床上很難區(qū)別，須通過局部病灶膿液培養(yǎng)來鑒別。