臨床表現(xiàn)復雜多樣，部分病例有慢性傾向。
1.小腸結腸炎 約2/3病例表現(xiàn)為此型，潛伏期4～10天，急起發(fā)熱、腹痛和腹瀉，水樣稀便，可帶黏液，偶見膿血。少數(shù)有嘔吐。病程一般數(shù)天，可長達1～2周。
2.末端回腸炎 病變以末端回腸、闌尾和腸系膜淋巴結炎癥為主。臨床特點是突然發(fā)熱、右下腹痛或壓痛，可伴腹瀉，外周血白細胞增多。
3.敗血癥 多見于老人或機體免疫力低下的患者。持續(xù)高熱、肝脾腫大，頭痛、腹痛，但不一定伴有腹瀉。部分病人有身體其他部位遷徙性膿腫病變。外周血白細胞增多。
4.變態(tài)反應性病變 有10%～30%成人小腸結腸炎病例可繼發(fā)關節(jié)炎。在急性腹瀉數(shù)天后出現(xiàn)多個關節(jié)疼痛，甚至腫脹，約經(jīng)2～14天炎癥達高峰，此后逐漸消退，2/3病例在1月后消退，其余可持續(xù)數(shù)月之久。關節(jié)積液中有較多的白細胞，但細菌培養(yǎng)陰性。尚可并發(fā)結節(jié)性紅斑、虹膜睫狀體炎、脈絡膜炎、動脈炎、溶血性貧血和腎小球腎炎等。
凡進食可疑被污染的食物或水;有與感染動物接觸史;臨床發(fā)熱、腹瀉、腹痛、敗血癥，以及全身任何部位的炎癥或膿腫表現(xiàn)，并且伴有毒血癥狀者，均應疑有耶爾森菌感染的可能，確診有賴于細菌學檢查。

本病應與其他病原所致的感染性腹瀉、敗血癥、瘧疾、阿米巴肝膿腫、急性闌尾炎和黃疸型肝炎等疾病進行鑒別。