腸道病毒71型可引起多種臨床表現(xiàn)。在澳大利亞、瑞典和日本，主要表現(xiàn)為手、足、口腔病，通常發(fā)生于1～3天的前驅(qū)性發(fā)熱之后，未觀察到嚴重的中樞神經(jīng)系統(tǒng)疾病。而1975年在保加利亞發(fā)生的腸道病毒71型流行中，則以無菌性腦膜炎為主，21%病例表現(xiàn)為類似于脊髓灰質(zhì)炎的急性癱瘓。病情發(fā)展迅速，起病后10～30h即出現(xiàn)癱瘓。約半數(shù)病例表現(xiàn)為腦炎或腦神經(jīng)損害(延髓性麻痹)。確診病例的總病死率為6.2%，其中29.5%為癱瘓性疾病，65%為延髓性麻痹。
在美國的羅徹斯特、紐約和日本、香港發(fā)生的小規(guī)模流行暴發(fā)中均觀察到手、足、口腔病與嚴重中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染可發(fā)生于腸道病毒71型的同一次流行之中。
其他較少見的臨床表現(xiàn)包括：全身性斑丘疹、心肌炎、傳染性多神經(jīng)炎和上呼吸道炎。曾有1例新生兒疾病具有腸道病毒71型的血清學證據(jù)的報道。
依賴于病毒分離和血清學檢查確診。

須與手足口病，柯薩奇病毒感染相鑒別。