1.胃腸道　為常見病變部位，以系統吸收不良為突出表現。初期消化道癥狀多變，且反復發(fā)作腹痛多位于上腹部，進食后可加重，亦可出現惡心、嘔吐及厭食。體重下降和腹瀉，以40歲以上患者多見，40歲以下患者少見。腹瀉多為脂肪瀉，或水瀉，有時夜間發(fā)作，每天5～15次。Saracibar Serrador E等報道一例男性患者，首發(fā)癥狀為便秘及上消化道出血。因此，應該注意與其他的腸道疾病進行鑒別。患者腹瀉加重時，可導致惡病質。腹膜后及腸系膜淋巴結腫大，可有腹部包塊，亦可伴有腸梗阻及慢性發(fā)熱。10%～25%的患者沒有消化道癥狀，稱之為“干性惠普爾病”。
2.心血管系統　可出現心內膜炎和心包炎。但臨床表現不突出，部分患者有心尖部收縮期雜音、心包摩擦音，但很少有心力衰竭。有些患者形成瓣膜纖維化，引起狹窄或關閉不全，需進行主動脈瓣及左房室瓣置換。心臟纖維化少見。
3.呼吸系統　約50%的本病患者有慢性咳嗽，呼吸困難及胸痛亦常見。肺部表現和臨床癥狀有時難與結節(jié)病(sarcoidosis)相區(qū)別，且可先于典型的惠普爾病的表現。肺活檢有利于肺惠普爾病的診斷。
4.中樞神經系統　患者依據侵及中樞神經的不同部位而出現不同的癥狀，包括頭痛、共濟失調、耳聾、肌無力、昏睡、感覺缺失、視覺改變、進行性癡呆、癲癇樣發(fā)作、人格障礙、蛛網膜炎，累及下丘腦引起失眠、煩渴或食欲亢進。所謂的“三聯征”即癡呆、眼肌麻痹和肌陣攣。中樞神經系統受累可發(fā)生在無腸道表現時，或作為復發(fā)形式出現。
5.骨骼系統　發(fā)熱和關節(jié)炎常早于胃腸道癥狀，約l/3的患者在確立診斷前5年就已存在。踝、膝、肩、肘腕及指關節(jié)均可累及，多呈間歇性游走性急性發(fā)作，持續(xù)數小時至幾天。關節(jié)破壞不明顯，不引起畸形。關節(jié)液檢查無特殊異常。脊柱關節(jié)可涉及，多為骶髂關節(jié)炎，很少有強直性脊柱炎，有些患者僅有關節(jié)痛。半數以上有發(fā)熱，一般為間歇發(fā)作的低熱，但疾病嚴重者也可發(fā)生較高的間歇熱。
6.皮膚及外周淋巴結　約1/3患者，除口腔黏膜外，皮膚有色素沉著，機制不明，常依此為診斷標準之一。約50%患者表淺淋巴結腫大，此亦為重要臨床特征。淋巴結活檢有助于診斷。
血清陰性的關節(jié)炎及復發(fā)性風濕癥病人，如發(fā)生淋巴結腫大、中樞神經系統癥狀、玻璃體炎或腹瀉時，應考慮到本病。根據病人出現的吸收不良綜合征及其他器官系統受累的表現，淋巴結、小腸黏膜活檢，以及典型的PAS染色陽性的巨噬細胞與小腸黏膜的病理特點，可以確診本病。

1.盲襻綜合征 從吸收不良綜合征的角度看，本病易與盲襻綜合征混淆。但后者常有腹部手術史或其他腸病，無關節(jié)癥狀及發(fā)熱。若胃腸鋇餐檢查發(fā)現腸瘺、粘連、小腸短路等。則有助于本病的鑒別。
2.原發(fā)性吸收不良綜合征 本病與原發(fā)性吸收不良綜合征相比，二者雖在頑固性消化道癥狀、吸收不良所致的營養(yǎng)缺乏、維生素不足等方面相似，但原發(fā)性吸收不良綜合征無淋巴結腫大、關節(jié)炎、發(fā)熱及心肺改變。小腸黏膜活檢標本無惠普爾病PAS染色陽性的巨噬細胞。胃腸鋇餐檢查也有明顯的區(qū)別。
3.淋巴瘤 當淋巴瘤表現為發(fā)熱、淋巴結腫大、腹瀉和關節(jié)癥狀時，容易與惠普爾病相混淆。但前者小腸黏膜活檢標本無PAS染色陽性巨噬細胞。胃腸鋇餐檢查也無惠普爾的X線表現，故很容易將二者區(qū)別開來。
4.系統性硬化癥 有時以吸收不良、腹瀉、腹痛為主要臨床表現，酷似惠普爾病，但無色素沉著，對抗生素治療也無反應，皮膚病理改變?yōu)橛财げ〉牡湫吞卣鳌Ｐ∧c黏膜及淋巴結活檢標本也無PAS染色陽性的巨噬細胞。
5.阿狄森病 惠普爾病出現繼發(fā)性腎上腺皮質功能不全時，應注意與原發(fā)性阿狄森病相鑒別。二者雖都有色素沉著、低血壓、電解質失調，但后者無消化道癥狀，無前者特征性病理改變和小腸X線異常，也無關節(jié)炎、淋巴結腫大和心肺表現。