病情急促和猛烈，若不及時醫(yī)治，會死於肺炎及其他并發(fā)癥。
軍團病最常見的并發(fā)癥是呼吸衰竭、休克以及急性腎臟衰竭和多器官衰竭。無例外地需要抗生素治療才能恢復(fù)，而且通常在數(shù)周或數(shù)月之后才能完全恢復(fù)。偶爾會出現(xiàn)嚴重漸進性肺炎或肺炎治療無效，在極少數(shù)情況下還可發(fā)生大腦后遺癥。
軍團病造成的死亡率取決于：疾病的嚴重程度、最初抗微生物治療的適宜性、感染軍團病的環(huán)境以及宿主因素(在發(fā)生抑制免疫反應(yīng)的病人中，疾病通常更為嚴重)。病例死亡率在不接受治療的呈現(xiàn)抑制免疫反應(yīng)的病人中可高達40–80%，通過適當?shù)牟±芾聿⑷Q于臨床癥候和征兆的嚴重程度可減少到5–30%。對能夠形成免疫反應(yīng)者，死亡率通常在10-15%的范圍之內(nèi)。
此外還可并發(fā)腹膜和胰腺炎，肺梗死，腦水腫等。